1949年8月，出任浙江大学校长，并先后兼任中华人民共和国中央人民政府委员、中央财经委员会副主任、华东军政委员会副主任等职。1951年任北京大学校长。早在50年代初，他就注意并开始研究中国人口增长过快的实际问题。在著名的《新人口论》中，较系统的论述了中国的人口问题。提出了“我国人口增长过快”的命题，认为1953～1957年，中国人口很可能已超过1953年人口普查得出的年增殖率为20‰的结果。如果按1953年统计的20‰的增殖率估算, “三十年后同实际的人口数字一比,就会差之毫厘而失之千里了”。并分别从加速积累资金、提高科学技术、提高劳动生产率和人民的物质文化水平以及增加工业原料等方面，对控制人口的必要性、迫切性进行了论述。他尖锐地指出，控制人口实属刻不容缓，不然的话，日后的问题益形棘手，愈难解决。政府对人口若再不设法控制，难免农民把一切恩德变为失望与不满。他提出了定期举行人口普查，把人口增长纳入第二个、第三个五年计划的建议。

　　1960年1月4日，因发表《新人口论》被迫辞去北大校长职务。1979年9月，平反后担任北大名誉校长，并重新当选为第五届全国人民代表大会常务委员会委员。1981年2月27日，当选为中国人口学会名誉会长，1981年3月29日，当选为中国经济学团体联合会第一届理事会顾问。1982年5月10日因病逝世。1993年8月获首届中华人口奖“特别荣誉奖”。

　　主要著作有：《通货新论》《战时经济论文集》《我的经济理论哲学思想和政治立场》《中国国外汇兑》《中国银行论》《中国关税问题》《资本主义发展史》《中国经济改造》《经济学概论》、《新人口论(重版)》《马寅初经济论文集(上、下)》等。