中国岛礁博物馆的建设理念、经营特色与岱山县其他已建或规划建设的海洋博物馆并不相同，而是将整个海洋特别保护区广阔海域作为中国岛礁博物馆的天然舞台，建成一个开放式的露天式的岛礁自然博物馆。利用岱山东部岛礁区内类型各异的海岛、海礁以及丰富多彩的各种海岛、海洋资源，进行适当分类和整合，开发游艇观光、海上垂钓、荒岛探险、海上娱乐等项目，将海上观光、海岛保护与海洋科普有机结合起来，由此获得良好的社会效益、生态效益和经济效益。